Teysmann kemudian digantikan oleh Dr. Rudolph Herman Christiaan Carel
Scheffer pada tahun 1867 menjadi direktur, dan dilanjutkan kemudian oleh Prof.
Dr. Melchior Treub.
Pendirian
Kebun Raya Bogor bisa dikatakan mengawali perkembangan ilmu
pengetahuan di Indonesia. Dari sini lahir beberapa institusi ilmu pengetahuan lain,
seperti Bibliotheca Bogoriensis (1842), Herbarium Bogoriense (1844), Kebun Raya
Cibodas (1860), Laboratorium Treub (1884), dan Museum dan Laboratorium
Zoologi (1894).
Pada tanggal 30 Mei 1868 Kebun Raya Bogor secara resmi terpisah
pengurusannya dengan halaman Istana Bogor.
Pada mulanya kebun ini hanya akan digunakan sebagai kebun percobaan bagi
tanaman perkebunan yang akan diperkenalkan ke Hindia-Belanda (kini Indonesia).
Namun pada perkembangannya juga digunakan sebagai wadah penelitian ilmuwan pada
zaman itu (1880 - 1905). Kebun Raya Bogor selalu mengalami perkembangan yang
berarti di bawah kepemimpinan Dr. Carl Ludwig Blume (1822), JE. Teijsmann dan
Dr. Hasskarl (zaman Gubernur Jenderal Van den Bosch), J. E. Teijsmann dan Simon
Binnendijk, Dr. R.H.C.C. Scheffer (1867), Prof. Dr. Melchior Treub (1881), Dr. Jacob
Christiaan Koningsberger (1904), Van den Hornett (1904), dan Prof. Ir. Koestono
Setijowirjo (1949), yang merupakan orang Indonesia pertama yang menjabat suatu
pimpin lembaga penelitian yang bertaraf internasional.
Pada saat kepemimpinan tokoh-tokoh itu telah dilakukan kegiatan pembuatan
katalog mengenai Kebun Raya Bogor, pencatatan lengkap tentang koleksi tumbuh-
tumbuhan Cryptogamae, 25
spesies Gymnospermae, 51 spesies Monocotyledonae dan
2200
spesies Dicotyledonae,
usaha pengenalan tanaman ekonomi penting di Indonesia,
pengumpulan tanam-tanaman yang berguna bagi Indonesia (43 jenis, di antaranya vanili,
kelapa sawit, kina getah perca, tebu, ubi kayu, jagung dari Amerika, kayu besi dari
Palembang dan Kalimantan)
dan mengembangkan kelembagaan internal di Kebun Raya
yaitu:
Herbarium
Museum
Laboratorium Botani
Kebun Percobaan
Laboratorium Kimia
Laboratorium Farmasi
Cabang Kebun Raya di
Sibolangit, Deli SErdang dan di Purwodadi, Kabupaten
Pasuruan
Perpustakaan Fotografi dan Tata Usaha
Pendirian Kantor Perikanan dan Akademi Biologi (cikal bakal IPB).
Kebun Raya Bogor sepanjang perjalanan sejarahnya mempunyai berbagai nama dan
julukan, seperti :
s'Lands Plantentuin
 |